隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，不同茶樹種質(zhì)資源的組學(xué)數(shù)據(jù)呈爆發(fā)式增長。為實(shí)現(xiàn)茶樹種質(zhì)資源基因型的數(shù)字化鑒定與管理，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所聯(lián)合麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院、韓國國立園藝與草本研究院、阿塔圖爾克大學(xué)等單位，開發(fā)完成茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫TeaGVD。……
隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，不同茶樹種質(zhì)資源的組學(xué)數(shù)據(jù)呈爆發(fā)式增長。為實(shí)現(xiàn)茶樹種質(zhì)資源基因型的數(shù)字化鑒定與管理，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所聯(lián)合麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院、韓國國立園藝與草本研究院、阿塔圖爾克大學(xué)等單位，開發(fā)完成茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫TeaGVD。相關(guān)成果以TeaGVD: a comprehensive database of genomic variations for uncovering the genetic architecture of metabolic traits in tea plants為題，發(fā)表在Frontiers in Plant Science（《植物科學(xué)前沿》）上。
該數(shù)據(jù)庫整合鑒定超過7,000多萬的基因組變異位點(diǎn)、1,229份茶樹資源的基因型數(shù)據(jù)、464種代謝物的表型數(shù)據(jù)和17,974個基因型-表型關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。該數(shù)據(jù)庫主要用于茶樹種質(zhì)資源基因組變異（SNP和InDel）的數(shù)字化管理與大數(shù)據(jù)在線分析，能夠根據(jù)基因組位置、基因信息、材料比較、基因或變異編號等不同的策略檢索基因組SNP和InDel。通過本平臺還能夠?qū)崿F(xiàn)茶樹種質(zhì)資源的代謝表型查詢及GWAS分析，快速挖掘性狀相關(guān)的SNP和InDel位點(diǎn)。此外，本平臺還整合了在線Blast、序列提取、引物設(shè)計(jì)、群體遺傳分析等工具。
茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫為茶樹種質(zhì)資源的創(chuàng)新利用與共享提供了一個友好的平臺，將推動茶樹育種進(jìn)入數(shù)字化、智慧化設(shè)計(jì)育種新時代。
該研究在國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、浙江省自然科學(xué)基金、浙江省農(nóng)業(yè)新品種選育重大科技專項(xiàng)等項(xiàng)目的資助下完成。我所陳亮研究員與姚明哲研究員為共同通訊作者，陳杰丹副研究員與麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院何衛(wèi)中研究員為共同第一作者。
日期：2022-12-07
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